

infile=netcdf('nowrite');
filename=char(ncnames(infile));
[f p e]=fileparts(filename);



X=modep_cmplNc(infile);


%Load the comparison data from SPMR|Deployment Dates|Instrument Numbers
if strcmp(p(1:3),'ep2')
%EP2
%When was the instrument put in the water
deploy_dates=[datenum('04 Dec 1996');datenum('23 May 1997');datenum('22 Oct 1997');datenum('22 Jun 1998'); ...
      datenum('07 Nov 1998');datenum('08 Jul 1999');datenum('07 Nov 1999');datenum('03 Jul 2000');datenum('01 Nov 2000');...
      datenum('16 Jun 2001');datenum('14 Oct 2001');];
%What was the instrument
Prr620=[9664;9664;19608;9664;19608;19608;19605;19605;19608;19608];
Prr600=[0;0;19607;19607;19614;19614;19613;19613;19614;19614];
%Wavelengths measured by SPMR
   LuSpmrName=[412 443 490 510 555 670 683];
   EdSpmrName=[412 443 490 510 555 670 683];
   EsSpmrName=[412 443 490 510 555 670];
   %SPMR Values
   %	1-412,2-443,3-490,4-510,5-555 etc. -see xxSpmrName var above(e.g. LuSPMR(:,1) refers to wavelength 412 SPMRdata);
   %  Should be # of deploy_dates-1 spmr values
   LuSpmr(:,1)=[0.7959;0.9435;1.1067;0.7251;0.3991;0.5322;0.6091;0.6323;0.9915;0.459470143];
   LuSpmr(:,2)=[0.7243;0.8455;0.9274;0.7635;0.4230;0.6058;0.6297;0.5575;0.8066;0.403592323];
   LuSpmr(:,3)=[0.6580;0.6510;0.6934;0.6906;0.4895;0.6193;0.6411;0.5255;0.6952;0.47194457];
   LuSpmr(:,4)=[0.4107;0.3255;0.3172;0.3795;0.3136;0.3500;0.3751;0.2850;0.3761;0.287514987];
   LuSpmr(:,5)=[0.1263;0.0792;0.0839;0.1218;0.1084;0.1124;0.1181;0.0860;0.1166;0.102059603];
  	LuSpmr(:,6)=[NaN;NaN;0.0031;0.0085;0.0106;0.0098;0.0111;0.0081;0.0100;0.01094613];	
	LuSpmr(:,7)=[0.0122;0.0037;0.0042;0.0111;0.0170;0.0135;0.0167;0.0118;0.0137;0.018200507];
   EdSpmr(:,1)=[54.7133;71.9333;69.7034;33.8591;26.3242;32.1032;31.0367;49.7335;67.2542;47.6917377];
   EdSpmr(:,2)=[65.2933;85.3833;71.1350;70.1585;55.1960;67.7178;65.8107;52.5052;70.3722;52.9569681];
   EdSpmr(:,3)=[70.9400;88.1667;76.2007;79.5186;70.9110;82.6062;78.9244;59.9543;80.2005;70.35530083];
   EdSpmr(:,4)=[59.5200;69.7167;54.9313;62.1131;58.0477;65.5362;63.2230;45.3866;62.3180;55.91577999];
   EdSpmr(:,5)=[36.8100;43.1333;28.5812;35.2583;32.6758;35.8790;31.9180;23.5905;33.5837;31.77664372];
	EdSpmr(:,6)=[NaN;NaN;0.2482;0.2993;0.2788;0.3118;0.3212;0.2245;0.3165;0.271066883];
	EdSpmr(:,7)=[NaN;NaN;0.1214;0.1387;0.1424;0.1447;0.1566;0.1092;0.1458;0.146295703];
   EsSpmr(:,1)=[120.9930;132.5510;111.6400;82.4988;85.8654;89.8740;77.5445;99.5618;131.4270;105.2036785];
   EsSpmr(:,2)=[139.4689;154.6206;110.6700;130.0633;135.8538;141.3074;122.6583;114.3582;151.6511;123.1403152];
   EsSpmr(:,3)=[148.9033;165.2387;119.5600;145.8343;145.8855;151.8677;130.9675;123.4006;161.7688;143.1671854];
   EsSpmr(:,4)=[147.5145;164.1160;130.3900;144.6627;145.9511;154.3464;131.7178;123.1080;166.1181;135.863206];
   EsSpmr(:,5)=[142.9009;160.4051;124.6300;135.3057;134.7979;145.6542;122.0636;113.0638;150.8360;129.6467795];
   EsSpmr(:,6)=[NaN;NaN;87.8400;113.8581;119.2705;123.3253;104.3657;97.9843;132.7910;108.5168773];
  	   %Known bad dates
   bad600start=[datenum('04 Dec 1996');datenum('28 Sep 1999');];
   bad600end=[datenum('07 Nov 1998');datenum('7 Nov 1999');];
   bad620start=[datenum('28 Sep 1999')];
   bad620end=[datenum('07 Nov 1999')];
   
elseif strcmp(p(1:3),'ep1')
   %EP1
  %When was the instrument put in the water
   deploy_dates=[datenum('10 Dec 1996');datenum('13 May 1997');datenum('13 Nov 1997');datenum('13 Jun 1998'); ...
         datenum('03 Nov 1998');datenum('23 Jun 1999');datenum('27 Oct 1999');datenum('24 Jun 2000');datenum('22 Oct 2000');...
         datenum('06 Jun 2001');datenum('04 Oct 2001');datenum('07 Jun 2002');datenum('12 Oct 2002');];
   %What was the instrument
   Prr620=[9663;9663;19605;9663;19605;9663;9664;9664;9663;9663;9664;9663];
    Prr600=[19614;19614;19606;19606;19615;19606;19607;19607;19606;19607;19606;19614];
    %Wavelengths measured by SPMR
   EsSpmrName=[412 443 490 510 555 670];
   EdSpmrName=[412 443 490 510 555 670];
   LuSpmrName=[412 443 490 510 555 670 683];
   %SPMR Values
   %	1-412,2-443,3-490,4-510,5-555 etc. -see xxSpmrName var above(e.g. LuSPMR(:,1) refers to wavelength 412 SPMRdata);
   %  Should be # of deploy_dates-1 spmr values
   EsSpmr(:,1)=[122.1385841;132.707;127.22;78.485;83.72;75.78;87.8;120.986;129.45;117.8238145];
	EsSpmr(:,2)=[141.0850187;153.469;136.00;126.1675;136.78;118.97;140.45;140.544;148.648;140.7255462];
	EsSpmr(:,3)=[152.4145227;164.461;153.48;140.1525;150.34;128.13;150.47;153.09;158.386;161.1022621];
	EsSpmr(:,4)=[151.2749758;163.967;153.88;139.25;149.01;129.12;151.68;152.208;159.968;156.2283936];
	EsSpmr(:,5)=[145.3322351;159.836;141.08;130.0375;140.92;118.39;142;140.098;146.05;149.4517956];
	EsSpmr(:,6)=[120.1112889;134.008;128.23;110.7575;120.36;101.12;121.595;121.792;127.388;125.9985092];
	EdSpmr(:,1)=[51.9;57.133;82.70591733;25.50362067;24.33893333;14.02892667;28.24829967;54.26660933;54.62537389;70.38343363];
	EdSpmr(:,2)=[63.1;67.550;86.175443;52.3053284;52.39321556;27.14620533;59.99498817;56.72145233;58.47352022;78.96023183;];
	EdSpmr(:,3)=[68.250005;75.717;90.76071167;63.25152093;64.11322089;31.66946033;76.70202783;69.625811;70.69924911;107.0129288];
	EdSpmr(:,4)=[58.025;60.817;65.36057633;51.51086647;52.00598589;68.4489067;64.02455233;56.06640478;55.46974233;85.62442989];	 
	EdSpmr(:,5)=[35.55;38.667;34.10345867;30.12424673;29.23548322;24.86691033;36.4427705;31.23061278;29.767176;46.9184251];
	EdSpmr(:,6)=[0.05805;0.070;0.129265667;0.2640366;0.266275444;0.120095333;0.310539167;0.275311556;0.271366556;0.4066737];
	LuSpmr(:,1)=[0.6805;0.748;1.5538592;0.417230533;0.383779889;0.228833333;0.485229167;0.551173889;0.629210556;0.673254437];
	LuSpmr(:,2)=[0.63925;0.675;1.348524633;0.459844733;0.432788444;0.231658333;0.510570833;0.475666667;0.561697667;0.59025719];
	LuSpmr(:,3)=[0.59;0.640;0.943941467;0.477038333;0.475887778;0.233426;0.592592833;0.516264;0.582494444;0.67870966];
	LuSpmr(:,4)=[0.379;0.393;0.4336323;0.294677667;0.304582556;0.134744;0.377017667;0.316567111;0.336734444;0.402881523];
	LuSpmr(:,5)=[0.11575;0.127;0.117934767;.1041652;0.106308556;0.042755333;0.1289845;0.107569444;0.106466222;0.12729];
	LuSpmr(:,6)=[0.0040025;0.004;0.003906367;0.009908467;0.009839111;0.00394;0.010059667;0.009815;0.008881778;0.011753977];
   LuSpmr(:,7)=[0.01205;0.010;0.004581567;0.0154444;0.015664222;0.005986667;0.0149345;0.015125889;0.013015667;0.01736224];
      %Known bad dates
   bad600start=[datenum('03 Jun 1997');datenum('24 Jul 1998');datenum('04 Jun 1999');datenum('14 Feb 2000');datenum('07 Dec 2000');datenum('05 Aug 2001')];
   bad600end=[datenum('12 Nov 1997');datenum('03 Nov 1998');datenum('09 Jul 1999');datenum('16 April 2000');datenum('07 Jun 2001');datenum('20 Aug 2001')];
   bad620start=[datenum('26 Jul 1997');datenum('05 Aug 2001')];
   bad620end=[datenum('09 Sep 1997');datenum('20 Aug 2001')];
   
   
end;

%color for data(ie.,X.Es,Kd,etc.)
if length(X.t)<250
color(1,:)='m.-';
color(2,:)='b.-';
color(3,:)='g.-';
color(4,:)='y.-';
color(5,:)='c.-';
color(6,:)='r.-';
color(7,:)='k.-';
color(8,:)='c*-';
color(9,:)='r*-';
else
    color(1,:)='m.';
color(2,:)='b.';
color(3,:)='g.';
color(4,:)='y.';
color(5,:)='c.';
color(6,:)='r.';
color(7,:)='k.';
color(8,:)='c*';
color(9,:)='r*';
end;

%pretty clear sky lines(like San Francisco)
indcol(1,:)='y-';
indcol(2,:)='g-';
indcol(3,:)='b-';
indcol(4,:)='c-';
indcol(5,:)='m-';

%pretty Spmr Boxes and colors
spmcol(1,:)='ms';
spmcol(2,:)='bs';
spmcol(3,:)='gs';
spmcol(4,:)='ys';
spmcol(5,:)='cs';
spmcol(6,:)='rs';
spmcol(7,:)='cs';
spmcol(8,:)='rs';

%get labels and tickmarks for all graph Xaxis limit deploy_dates to current times
depind=find(deploy_dates<=max(X.t));
deploy_dates=deploy_dates(depind);

if length(X.t)<250
   dates=1:30:length(X.t);
   dates=X.t(dates);
else
	dates=1:120:length(X.t);
	dates=X.t(dates);
end;


%Should products be calculated?
Productsques=questdlg('Would you like products calculated? (This may take a moment...)');

if strcmp(Productsques,'Yes')
   Y=plotcon2(infile);
   if strcmp(p(1:3),'ep2')
   	SpmrKd(:,1)=[NaN;NaN;NaN;0.0466;0.0593;0.03495;0.05015;0.036642857;0.058257143;.0694];
		SpmrKd(:,2)=[NaN;NaN;NaN;0.0537;0.0616;0.03615;0.04505;0.037457143;0.0571;.0718];
		SpmrKd(:,3)=[NaN;NaN;NaN;0.0643;0.0561;0.03785;0.0365;0.040242857;0.053142857;.0600];
   	SpmrKd(:,4)=[NaN;NaN;NaN;0.0794;0.0651;0.0516;0.04345;0.051;0.061114286;.0714];
   	SpmrKd(:,5)=[NaN;NaN;NaN;0.1107;0.0909;0.0752;0.11165;0.077385714;0.089957143;.0900];
   	SpmrLw(:,1)=[NaN;NaN;NaN;1.1208;0.5886;0.6431;0.83125;0.8968;0.849657143;.688350];
		SpmrLw(:,2)=[NaN;NaN;NaN;1.1502;0.6233;0.6654;0.86395;0.768114286;0.713442857;.601890];
		SpmrLw(:,3)=[NaN;NaN;NaN;0.89;0.5666;0.56585;0.77985;0.656557143;0.593385714;.576710];
		SpmrLw(:,4)=[NaN;NaN;NaN;0.5513;0.4143;0.3585;0.53545;0.425228571;0.385771429;.401450];
		SpmrLw(:,5)=[NaN;NaN;NaN;0.2883;0.2219;0.1502;0.25075;0.192;0.179885714;.20324];
   	SpmrLwn(:,1)=[NaN;NaN;NaN;2.2395;2.1186;1.80305;1.86365;1.654014286;1.503;1.138240];
   	SpmrLwn(:,2)=[NaN;NaN;NaN;1.5612;1.5755;1.28325;1.32425;1.346071429;1.1801;.916000];
   	SpmrLwn(:,3)=[NaN;NaN;NaN;1.0902;1.3975;1.0606;1.1362;1.071942857;0.915314286;.765550];
   	SpmrLwn(:,4)=[NaN;NaN;NaN;0.6859;1.0558;0.69635;0.78955;0.7114;0.605342857;.571800];
      SpmrLwn(:,5)=[NaN;NaN;NaN;0.3722;0.6029;0.302;0.38425;0.3339;0.301042857;.292310];
      Ctd_Chl=[0.13;0.08;0.05;0.0755;0.261;0.226;0.230880802;0.254289833;0.265675945;0.280857427;NaN];

	elseif strcmp(p(1:3),'ep1')
   	SpmrKd(:,1)=[NaN;NaN;NaN;0.04882;0.05305;0.0677;0.0354;0.0412;0.041966667;.106800];
   	SpmrKd(:,2)=[NaN;NaN;NaN;0.04498;0.053;0.067;0.03515;0.03794;0.0401;.1144];
		SpmrKd(:,3)=[NaN;NaN;NaN;0.03318;0.0584;0.065;0.054;0.02874;0.033816667;.1204];
   	SpmrKd(:,4)=[NaN;NaN;NaN;0.04162;0.067;0.0798;0.0564;0.04062;0.05;.1317];
   	SpmrKd(:,5)=[NaN;NaN;NaN;0.06418;0.08945;0.0717;0.09705;0.07064;0.074283333;.1703];
   	SpmrLw(:,1)=[NaN;NaN;NaN;0.57118;0.64275;0.2898;0.77925;1.05174;0.70925;0.992580];
		SpmrLw(:,2)=[NaN;NaN;NaN;0.60488;0.7093;0.2831;0.8082;0.90898;0.5969;.869130];
		SpmrLw(:,3)=[NaN;NaN;NaN;0.557;0.66395;0.2474;0.7771;0.78302;0.499466667;.812880];
		SpmrLw(:,4)=[NaN;NaN;NaN;0.39812;0.47655;0.1622;0.5588;0.51652;0.3169;.569560];
		SpmrLw(:,5)=[NaN;NaN;NaN;0.20226;0.235;0.0711;0.27355;0.23758;0.1362;.279360];
		SpmrLwn(:,1)=[NaN;NaN;NaN;1.32224;1.1269;0.6615;1.53135;1.49832;1.1747;1.521130];
   	SpmrLwn(:,2)=[NaN;NaN;NaN;0.9389;0.8298;0.4444;1.07335;1.20052;0.9255;1.202370];
   	SpmrLwn(:,3)=[NaN;NaN;NaN;0.79702;0.7768;0.366;0.97935;0.96672;0.76525;1.000760];
   	SpmrLwn(:,4)=[NaN;NaN;NaN;0.58672;0.6168;0.2422;0.71185;0.65518;0.469383333;.738430];
      SpmrLwn(:,5)=[NaN;NaN;NaN;0.30602;0.3353;0.1116;0.35925;0.3172;0.198133333;.716890];
      Ctd_Chl=[0.24;0.21;0.04;0.425666667;0.15;0.3;0.302182226;0.398513917;0.311220392;0.318811133;NaN];

	end;


 prodcon;
 graphcon;
elseif strcmp(Productsques,'Cancel')
   clear all;
   close all;
else
   %bring up the graphcontroller 
   graphcon;
end;   




     



     


 
        
		 
            
                          
               

